Pada awalnya Kerta Jaya merupakan sebuah Dusun Mekar Jaya yang salah satu dari parit di Desa Pekan Tua Kecamatan Tempuling dimekarkan menjadi Kecamatan Kempas, dan Mekar Jaya masuk pada wilayah Kecamatan Kempas. Pada awal tahun 2012 terbentuklah Desa Kerta Jaya Kecamatan Kempas Kabupaten Indragiri Hilir Riau.
Pada Tahun 2012 Bapak SUARDI menjadi Pjs Kepala Desa Kerta Jaya, Pemilihan Kepala Desa pertama terpilih adalah Bapak SUNIK .Melalui pemilihan Kepala Desa tersebut maka Desa Kerta Jaya Kecamatan Kempas Kabupaten Indragiri Hilir dipimpin oleh Kepala Desa Bernama Bapak SUNIK. Adapun pejabat Kepala Desa Kerta Jaya mulai berdiri sampai sekarang sebagai berikut :
- Tahun 2012 SUARDI sebagai Pjs. Kepala Desa Kerta Jaya dan KHEMAS ZULIANTO sebagai Sekretaris Desa.
- Tahun 2012-2017 SUNIK sebagai Kepala Desa dan KHEMAS ZULIANTO sebagai Sekretaris Desa.
- Tahun 2018-2019 HARMONIS,S.IP sebagai Pj.Kepala Desa dan KHEMAS ZULIANTO sebagai Sekretaris Desa.
- Tahun 2020-2025 SUNIK sebagai Kepala Desa dan KHEMAS ZULIANTO sebagai Sekretaris Desa.